Как может повлиять на seo добавление еще одного адреса в шапку сайта

контент спустится ниже, а mobile first index добавит проблем

Тоесть лучше убрать?

Вообще полный физический адрес бизнес достаточно редко размещают в шапке и требуется это в редких случаях.
Если у вас просто указано 2 города, а не полные адреса, то ничего страшного, негативное влияние тут вряд ли есть.
Вопрос в том, зачем вы в хедер добавляете города? Хедер лучше не перенагружать и давать там самую нужную информацию для связи.